心源性腦栓塞與大動脈粥樣硬化性腦梗死的基本治療原則相似，包括急性期的綜合治療，盡可能恢復腦部血液循環(huán)，進行康復治療。因為心源性腦栓塞容易再發(fā)，急性期應注意休息，避免活動量過大，以降低再發(fā)的風險。

當發(fā)生出血性腦梗死時，要立即停用溶栓、抗凝和抗血小板聚集的藥物，防止出血加重和血腫擴大，適當應用止血藥物，治療腦水腫，調(diào)節(jié)血壓；若血腫量較大，內(nèi)科保守治療無效時，考慮手術(shù)治療。對感染性栓塞應使用抗生素，并禁用溶栓和抗凝治療，防止感染擴散。

對于心源性腦栓塞的預防非常重要。主要是進行抗凝和抗血小板治療。同時要治療原發(fā)病，糾正心律失常，針對心臟瓣膜病和引起心內(nèi)膜病變的相關(guān)疾病，進行有效防治，根除栓子的來源，防止復發(fā)。