明之后期，政權愈來愈見腐朽。公元1644年3月18日，李自成率農民起義軍攻陷北京，明王朝宣告滅亡。時當東北地區(qū)女真民族，在努爾哈赤、皇太極、福臨祖孫三代努力下，重新崛起之際。族名改稱滿族，組成八旗子弟兵屢犯明朝地方政權，經(jīng)濟和軍事實力大振，覬覦關內。明朝總兵吳三桂在與李自成接戰(zhàn)同時，引清兵入關。李自成回師北京，于4月29日即皇帝位，國號“大順”，但于次日即退出了北京。于是清軍順利入京，并正式建立了清王朝。

滿族入主中原，由奴隸制度急劇過渡到封建制度，大力加強封建集權統(tǒng)治制度。內閣之上，另設“議政王大臣會議”（后為“軍機處”），是最高決策機構，直接對皇帝負責，全由滿族貴族組成。地方行政分屬總督、巡撫、布政使、按察使及知府、知縣等各級長官，滿漢兼任，但唯知府以下方準多用漢人。從康熙到乾隆，既建成了這樣一個滿漢合一的統(tǒng)治政權模式，又將中國的封建制度推到了頂點。

“康乾盛世”，社會經(jīng)濟發(fā)展。獎勵墾荒，輕舶薄賦，懲治貪污，興修水利，節(jié)約開支，至康熙四十八年（1709），戶部庫存銀已由原先的1000余萬兩增至5000多萬兩，出現(xiàn)了相當安定和繁榮的局面。雍正即位，進一步發(fā)展為“攤丁入畝”政策，等于取消了千百年來實行的“人頭稅”。其結果，全國人口大大增加，公元1661年統(tǒng)計人丁戶口為1900多萬醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理。公元1711年亦僅2462萬，而至公元1774年，全國人口已猛增至22102萬。

清統(tǒng)治者沉溺于奢侈生活，對外部世界資本主義的發(fā)展并無察知，對民間資本主義的萌芽，也無認識。

明末清初社會動亂時期，出現(xiàn)過一批偉大的先進思想家，如方以智、王夫之、顧炎武、黃宗羲、唐甄、顏元等。他們的政治主張基本上是反清的，因此多被下獄，或避地隱居。哲學上，他們批判宋明理學，闡發(fā)“經(jīng)世致用”和“氣”的物質性原理。為了鞏固統(tǒng)治，康熙帝等大力推行宋明理學，把孔子，祭朱熹，將其列入十哲，并親撰“圣諭”以為弘揚。雍正還規(guī)定《圣諭廣訓》必須家喻戶曉，能夠背誦。儒臣大受寵用，《朱子全書》、《性理精義》等四處發(fā)送。為了打擊一切有反清嫌疑的文人，把中國的“文字獄”發(fā)展到了登峰造極的地步。

此外，清朗中期以后的閉關鎖國政策越來越嚴厲，也阻礙了西方文化的東漸和交流。順治和康熙都曾優(yōu)渥禮遇明未來華之傳教士湯若望、南懷仁等，康熙甚至請他們入宮講學，使他自己成為中國歷史上最通科學知識的皇帝。湯若望除授欽天監(jiān)實職外，還得到正一品的榮衍。但是，后來因傳教士內部爭議，羅馬教皇發(fā)出“禁約”，并兩度派特使晉見康熙，要求改變利瑪竇的傳教法度，禁止中國天主教徒參與祭孔、祭祖、行吊喪之禮及懸掛“敬天”之醫(yī)，理所當然遭到康熙斥逐，最后下諭“以后不必西洋人在中國行教，禁止可也，免得多事。”（故宮博物院編《康熙與羅馬使節(jié)關系文書》第14通）。但實際上傳教士仍在中國各地活動。雍正時，廣東、福建等省地方官屢有“歐亞人侵擾我百姓，蔑視我法律”的報告，情況已與康熙時有所不同。后來又考慮到邊疆之患及思想體制之被淆亂，乃有乾隆朝下令閉關鎖國。商人及知識分子一概不準到海外貿易、考察，漢人出洋者為“自棄王化”，不論官民一律殺頭，沒收貨物財產(chǎn)，并且坐連保甲屬官。至此，就從原來的因保護主權而閉關鎖國發(fā)展成對一切外來文化和經(jīng)濟交流均予析拒的自閉政策了。這樣，中國歷史性地失去了一次與外部世界交換認識、爭取同步前進的機會醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理。

在上述背景下，清代前中期的醫(yī)學發(fā)展，呈現(xiàn)出一個比較錯綜復雜的局面，中醫(yī)學傳統(tǒng)的理論和實踐經(jīng)過長期的歷史檢驗和積淀，至此已臻于完善和成熟，無論是總體的理論闡述，抑或臨床各分科的實際診治方法，都已有了完備的體系，而且療效在當時的條件下是卓著的，與世界各國醫(yī)藥狀況相比還略勝一籌。尤其是溫病學派形成，在治療傳染性熱病方面，降低死亡率、預防傳染，起到了積極作用。其中人痘接種以預防天花方法的大力推行，更是中國乃至世界醫(yī)學史上光輝燦爛的一頁。次如解剖學的革新趨向，也說明了中醫(yī)學在努力尋找新的突破口。

但是，長期的閉關自守，濃厚的尊經(jīng)風氣使這一時期的醫(yī)學停滯于既有的“完美”，而不能真正全方位地有所突破。西醫(yī)傳入的勢頭在清初之后不久就低落下來，新鮮的知識和觀念沒有機會進入中醫(yī)社會，這種沖擊要到清代晚期才真正到來。中醫(yī)界在尋找多途發(fā)展，但時機還沒有成熟。