黑三棱科僅包括1屬—黑三棱屬（SparganiumL.）約20余種，分布在北溫帶和澳大利亞，中國有約6種，分布在東北到西南一帶。本科植物為水生植物，生長在沼澤地帶和湖泊邊緣淺水處，有根莖和莖；葉狹長，無柄，直立或浮水；花單性，雌雄同株，每一花序上，雄花束生于雌花束之上，花被由延長的鱗片組成；果實的外果皮為海綿質。

1981年的克朗奎斯特分類法將其列入香蒲目，1998年根據基因親緣關系分類的APG分類法將起放在新設立的禾本目內。