（一）太醫(yī)院的設(shè)置

　　朱元璋自稱吳王之初（1364），即仿元制設(shè)置全國性的醫(yī)藥行政管理機(jī)構(gòu)——醫(yī)學(xué)提舉司。司中設(shè)有：提舉、同提舉、副提舉、醫(yī)學(xué)教授、學(xué)正、官醫(yī)和提領(lǐng)。吳三年（1366年），改醫(yī)學(xué)提舉為太醫(yī)監(jiān)，設(shè)少監(jiān)（正四品）、監(jiān)遠(yuǎn)（從五品）。洪武元年（1368），仍設(shè)太醫(yī)院，職官設(shè)置亦無大的變動(dòng)。醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理當(dāng)時(shí)無御醫(yī)一職，洪武六年（1373）始設(shè)御醫(yī)。

　　（二）南北兩京太醫(yī)院

　　明代太醫(yī)院分為南京、北京兩處。

　　洪武元年（1368），南京太醫(yī)院設(shè)有院使、同知、院判、典簿，洪武十四年（1381）改設(shè)太醫(yī)令1人，太醫(yī)丞1人，吏目1人，御醫(yī)4人。洪武二十二年（1389），又改太醫(yī)令為院使，太醫(yī)丞為院判。永樂十九年遷都北京后，南京太醫(yī)院僅設(shè)院判、吏目各1人，掌管醫(yī)事，下設(shè)醫(yī)士和醫(yī)生。同時(shí)于北京建太醫(yī)院，設(shè)院使1人，院判2人，御醫(yī)4人（后增至18人），吏目1人。隆慶五年（1571）設(shè)御醫(yī)10人；吏目10人，下設(shè)醫(yī)官、醫(yī)生、醫(yī)士若干人。

　　兩京太醫(yī)院均設(shè)有生藥庫，設(shè)大使、副大使各1人，掌管藥物。每年藥材由產(chǎn)地派人解納，按藥材的質(zhì)量、炮制、燥濕程度分類。由太醫(yī)院御醫(yī)和藥庫大使辨驗(yàn)入庫，禮部派人監(jiān)放并登記造冊，一式兩份，一留太醫(yī)院備案，一送禮部查考。生藥庫年入庫量很大并逐年增加。

　　（三）太醫(yī)院的分科

　　明代太醫(yī)院分為13科，即大方脈、婦人、傷寒、小方脈、針灸、口齒、咽喉、眼、瘡瘍、接骨、盎鏃、祝由、按摩，同元代13科相比，風(fēng)科改為傷寒，金瘡分為金鏃和瘡瘍兩科，雜科改為按摩，取消了禁科，較前代更適合臨床需要。

　　太醫(yī)院要求御醫(yī)以下各專一科。隆慶五年（1571）太醫(yī)院有御醫(yī)、吏目共20人，統(tǒng)領(lǐng)13科，每科由一到數(shù)名御醫(yī)或吏目掌管，下屬醫(yī)士和醫(yī)生，各科御醫(yī)或吏目人數(shù)為：大方脈5人，傷寒4人，小方脈2人，婦人2人，口齒、咽喉、瘡瘍、正骨、痘疹、眼科、針灸各1人，下屬醫(yī)士醫(yī)生70余名。

　　（四）太醫(yī)院的職能

　　1、醫(yī)療保健

　　太醫(yī)院御醫(yī)以上每天分兩班在內(nèi)府御藥房值班，為皇帝及內(nèi)宮嬪妃服務(wù)。遇皇帝出巡，太醫(yī)院醫(yī)官作為隨行，沿途為皇帝、隨行官員和侍衛(wèi)作保健服務(wù)。

　　各親王府、藩王府及接待外賓的會同館均設(shè)有醫(yī)官，他們遇有疑難病癥，常向太醫(yī)院請求醫(yī)藥方面的幫助。明代規(guī)定，各王府請醫(yī)，不能直接向太醫(yī)院提出，須上奏皇帝，醫(yī)|學(xué)教育網(wǎng)搜集整理經(jīng)批準(zhǔn)后由太醫(yī)院奉旨派遣醫(yī)官或醫(yī)士前往診治。文武大臣及外國酋長有病，太醫(yī)院亦奉旨往視，將治療結(jié)果具本覆奏。發(fā)現(xiàn)疫情，太醫(yī)院有向軍隊(duì)、監(jiān)獄、邊關(guān)隘口等處派遣醫(yī)官治療的任務(wù)。

　　2、醫(yī)官的任免與派遣

　　全國各府、州、縣的醫(yī)學(xué)機(jī)構(gòu)中的醫(yī)官，均由太醫(yī)院考核委派。《明史·職官三》載，全國各府、州、縣的惠民藥局，邊關(guān)衛(wèi)所等處所設(shè)醫(yī)官、醫(yī)士、醫(yī)生，俱由太醫(yī)院派遣，年終考查其功過，以為升遷任免之據(jù)。據(jù)《古今醫(yī)統(tǒng)大全》卷三記載，明太醫(yī)院外遣醫(yī)官達(dá)150人。