從明代繆希雍《本草經(jīng)疏》起，明清在藥物理論探討上出現(xiàn)了新的變更，其中有言本草必宗《本經(jīng)》的尊經(jīng)派，著力闡發(fā)《神農(nóng)本草經(jīng)》的藥物機理；有致力于《神農(nóng)本草經(jīng)》原文的輯復工作的；還有以張仲景所用藥物為研究對象，注疏“經(jīng)方”藥物的。這種尊經(jīng)復古傾向的產(chǎn)生與清代整個醫(yī)學界的復古思潮有關，與清政府禁固思想文化而產(chǎn)生的乾嘉考據(jù)學風也有關。

　　1、注疏《神農(nóng)本草經(jīng)》藥物為主的本草著作

　　《本草祟原》為張志聰?shù)奈赐旮澹?jīng)其門人高士繼續(xù)完成。他們從藥物生成、形色性味及與病因病機之間的關系入手分析藥理，切于實際，通俗易曉。

　　清代中葉另有姚球撰有《本草經(jīng)解要》一書，論藥著重在“藥與癥相應”。把藥物氣味功效與人體臟腑功能緊密結(jié)合，與《本草祟原》殊途同歸。

　　乾隆年間著名醫(yī)家除大椿撰集了《神農(nóng)本草經(jīng)百種錄》，從辨藥物之形氣監(jiān)督來探討藥性，研討精深，多有新意。他針對當時一些不明藥性、濫用藥品的時弊予以抨擊。

　　陳修園撰寫《神農(nóng)本草經(jīng)讀》時常結(jié)合張仲景用藥法，并結(jié)合自身豐富的臨床經(jīng)驗，頗有建樹。綜上各家的共同特點都是在理論上尊經(jīng)崇古，但由于以上著作多出于臨床經(jīng)驗豐富的名醫(yī)之手，故有不少寶貴的用藥經(jīng)驗體會，頗有新的見地，所以流傳較廣。

　　2、對《神農(nóng)本革經(jīng)》等的輯復工作

　　《神農(nóng)本草經(jīng)》的輯佚始于南宋，至明代有盧復輯佚本。清代受考據(jù)學的直接影響，一些經(jīng)學家把其余力用在本草著作上，出現(xiàn)了一股小小的輯佚熱潮，孫星衍、孫馮翼所輯《神農(nóng)本草經(jīng)》醫(yī)學|教育網(wǎng)搜集整理是各種輯佚本中較突出的一部。孫星衍是清代著名考據(jù)學家，孫馮翼是他的學生，仰仗他們淵博的學識、豐富的資料和嚴謹?shù)膶W風，二孫輯本受到廣泛重視，多次翻刻，影響較大。此后顧觀光在《神農(nóng)本草經(jīng)》藥物?？焙涂甲C方面下了一定功夫，輯為新的本子，但其編排次序取自《本草綱目》所列《本經(jīng)》目錄，未為允當。

　　此外清代對《吳普本草》、《雷公炮炙論》、《新修本草》都作了初步輯復工作。

　　3、注疏經(jīng)方藥物為主的本草著作

　　清代部分尊經(jīng)復古者專門討論《傷寒論》、《金匱要略》兩部經(jīng)典中的藥物黃元御《長沙藥解》，取張仲景方書中161味藥，探討張仲景治病用藥機理。其特點是將論病與用藥議方結(jié)合起來，間附個人見解，對當時醫(yī)學中的流弊也多加針砭。

　　鄒澍將張仲景所用173味藥予以疏證，編成《本經(jīng)疏證》。該書將藥物分為三品，除注疏藥性外，還在毒藥下論述了藥物基原，其特點是結(jié)合個人體會，把藥、方、病結(jié)合起來論述。

　　此外還有周巖《本草恩辨錄》吳槐綬《南陽藥證匯解》和田伯良《神農(nóng)本草經(jīng)原文藥性增解》也都著眼于張仲景用藥法的研究。